El número de hermanos inscritos en vísperas de la salida procesional era de 141. Por fin el Viernes Santo, 11 de Abril de 1941, a las 21,30 horas, salió a la calle el Santo Sepulcro en unas andas cedidas por la hermandad del Nazareno, acompañado de la Virgen de la Amargura de la misma Cofradía.
Curiosamente no se recibe el beneplácito de crear la Junta de Gobierno de la Cofradía hasta pasada esa Semana Santa. En concreto el día 19 de Abril, reunidos en el Colegio Salesiano de San Ramón, actualmente sede de la parroquia de Nuestra Señora del Carmen, bajo la presidencia de don Andrés Yún Encinas, se reunieron en Cabildo los hermanos pertenecientes a la Hermandad para acordar y constituir la Junta de Gobierno que habría de regir a la “Antigua y Venerable Hermandad de Penitencia del Santísimo Cristo de la Expiración y Santo Entierro”.
Siendo el primer Hermano Mayor de esta época D. José Rivera Aguirre, que permaneció en el cargo hasta el 30 de Agosto de 1.942, en la que toma la cabeza D. Francisco Medina Sánchez. En los miembros de la Junta se planteó la intención de reemplazar al Yacente de la casa Luide por otra imagen mucho más digna.
El nuevo Yacente nacería de las manos del polifacético algecireño Don José Román Corzánego . Realizando su primera salida procesional en la Semana Santa de 1944. Siendo esta Imagen la que actualmente continúa procesionando.
El 6 de junio de 1944, presidida por el Reverendo Don Antonio Espinosa, cura párroco de la parroquia, y los hermanos de la cofradía, se acuerda reorganizar la nueva Junta de Gobierno, siendo nombrado Hermano Mayor Don Francisco Medina Sánchez. En dicha reunión se acuerda además nombrar al 4º Regimiento de Artillería con guarnición en Algeciras, el título de “Hermano Corporativo de Honor”, y como Hermano Mayor Honorario al Jefe de dicha Unidad, por aquel entonces el Coronel de Artillería Don Bernardo Ardanáz y Lardíez.
La nueva Junta de Gobierno encarga al Don José Roman una talla de María Santísima de la Soledad dada la buena impresión había causado el Cristo Yacente. La Imagen de la Soledad de Román fue entregada en Marzo de 1.945, causando una impresión no de fealdad, sino de ser una Imagen de Virgen Mayor, distinta a las que hasta el momento desfilaban, de tal modo que los hermanos de la Cofradía se pusieron el sobrenombre de “La Gallega”.
En Febrero de 1953 se talla para la Hermandad una Imagen de Nuestra Señora de la Soledad. Esta talla, obra de Don Juan Pérez Calvo, al parecer inspirada en la Virgen Macarena, de la que en esos momentos él era el vestidor, ve la luz en su taller en la calle Torres, de Sevilla.
La bendición de la nueva Imagen se produce el 15 de marzo de 1953, siendo madrina de dicho acto Doña Carmen Carrera Conte, hermana del entonces Hermano Mayor, D. Manuel Carrera Conte.
En el año 1958 dejaron la Parroquia los padres Salesianos, labor que desarrollaron tan dignamente en las tres parroquias existentes en la ciudad, sin olvidar la renovación de la propia Iglesia de Nuestra Señora de la Palma, realizadas bajo la dirección de Don Andrés Yún Encinas.
A partir de la marcha de los Padres Salesianos de la Parroquia, desaparecieron enseres y parte de la documentación que se tenía. Pero los pasos siguieron saliendo en procesión cada Semana Santa. El Paso del Cristo era llevado con ruedas, sobre un armón de artillería, siendo su última salida con este sistema en el año 1979.
A partir del año siguiente el paso se cambió por unas parihuelas, saliendo desde entonces portado sobre los hombros de una cuadrilla de cargadores.
La Virgen procesionaba también con este tipo de carga. Disponía este paso de un palio que se dejó de llevar a mediados de los años sesenta, hasta que a finales de la década siguiente se adquirieron doce varales y terciopelo negro, confeccionándose un nuevo palio para la Virgen de la Soledad.
En la década de los setenta, la Semana Santa Algecireña volvió a entrar en un triste y sombrío paréntesis, desaparecieron las cofradías de la Borriquita, la del Nazareno, Buena Muerte y la Columna, sólo dos cofradías no dejaron de realizar su salida procesional, la del Cristo de Medinaceli y la del Santo Entierro. Gracias al entusiasmo de unos buenos cofrades como Don Francisco Acosta, que ostentó el cargo de Hermano Mayor, Don José Zea, Doña Josefina Moreno y Don Juan María Ríos, entre otros, se consiguió pese a las importantes penurias económicas que acuciaban a la Cofradía, seguir sacando a nuestros titulares las noches de cada Viernes Santos.
A finales de esta década, se reorganiza la Junta de Gobierno, figurando como Hermano Mayor, Don Ángel Maza de Lizana, esta junta de gobierno dió el impulso definitivo para la renovación de la cofradía que tendría lugar en la siguiente década. Con la entrada de la década de los ochenta, se experimentó en Algeciras un resurgimiento del mundo cofrade.
La Semana Santa por aquel entonces, contaba con tan solo tres cofradías haciendo estación de penitencia por las calles algecireñas; el Medinaceli, la Buena Muerte y el Santo Entierro. Este interés empezó a notarse también en la Cofradía del Santo Entierro. Se recuperaron los triduos a nuestros titulares, y se comenzaron a obtener algunos enseres para sustituir a los perdidos, tales como un estandarte de la Virgen de la Soledad y otro del Cristo confeccionados ambos por Doña Josefina Moreno.
El 12 de abril de1984, al título de la cofradía se le añadió el de Real, por la aceptación de Su Majestad el Rey Don Juan Carlos, como Hermano Mayor Honorífico de la Cofradía, y de Su Majestad la Reina Doña Sofía, el titulo de Camarera de Honor de María Santísima de la Soledad.
Firmados los dos documentos de aceptación por el Jefe de la Casa de S. M. El Rey, El Marqués de Mondéjar.
Al año siguiente, en el 1985, cuando una gestora se hizo cargo de Cofradía y fueron aprobados los nuevos estatutos por parte del Obispo de Cádiz Don Antonio Dorado Soto, sería nombrado Hermano Mayor, Don Diego González Ramos.
Comienza entonces una etapa extraordinaria, en la que se emprende la renovación de una serie de enseres, muy deteriorados algunos de ellos por el paso del tiempo. Entre ellos la imagen del Cristo ya que esta, al ser incinerada la urna a finales de los ochenta debido a la carcoma, permaneció más directamente en contacto con los fieles devotos, no pudiendo evitarse el consiguiente manoseo diario a que se veía sometida. Todo ello agravado por la humedad típica de nuestro clima, hicieron que empezaran a dejarse ver numerosos desperfectos en la imagen. La Junta de Gobierno tomó la determinación de ponerse en contacto con dos profesores de la escuela de Artes y Oficios de Algeciras, doña Irene Calvo y don Antonio Miguel González, quienes hicieron una restauración de las grietas aparecidas en la talla y las volvieron a policromar en el año 1987.
En el año 1988, se adquieren unos respiraderos para el paso de la Virgen de la Soledad, comprándose estos junto a la Hermandad del Nazareno de Alcalá de Guadaira. Fueron platearon y en la Semana Santa del 1990 salió la Virgen de la Soledad con sus respiraderos nuevos.
La década de los noventa supuso un hito en la historia de la Cofradía, por la cantidad de proyectos que se fueron realizando, gracias al esfuerzo de todos, a la buena voluntad de los hermanos y a las múltiples donaciones que se fueron recibiendo.
Por primera vez en la Semana Santa de 1990, procesionó el Libro de Reglas, libro realizado por dos hermanos de la cofradía; Doña Josefina Moreno que confeccionó sus tapas y Don Carlos Navarro, quien transcribió a plumilla las Reglas que entonces regían la hermandad.
Hubo de enfrentarse la Junta de nuevo a un problema con la Imagen del Cristo; volvieron a reaparecer las mismas grietas que originaron su restauración en 1988. Se decidió contactar con el imaginero malagueño Don José Dueñas Rosales, quien tras venir a Algeciras para ver la talla in situ, comentó que sería necesario llevársela a su taller de Málaga. Se pidieron los permisos y autorizaciones eclesiásticas reglamentarias y nuestro Cristo Yacente salió en una furgoneta hacia la capital malagueña, escoltado por un grupo de hermanos de la junta, era una tarde de finales del mes de agosto de 1991, de donde regreso en vísperas del triduo que en su honor se celebraría durante la cuaresma de 1992, saliendo en procesión el Viernes Santo ,17 de abril de ese mismo año.
Se siguieron introduciendo mejoras y renovando enseres: una nueva Cruz de Guía, unos respiraderos y cuatro hachones de madera para el paso del cristo; todos estos objetos realizados en el taller de uno de los componente de la junta de Gobierno: Don Fernando Castro Guerrero. En el año 1994, fruto de un intenso trabajo de varios años y con el diseño del Doctor Don Luís Madrid Rondón, se estrenó el nuevo palio de la paso de la Soledad. Se estrena ese mismo año, la nueva bandera, en brocado negro y con el escudo de la cofradía bordada en hilos de plata realizada por Dona Ángeles Reina Gallardo.
En 1995, el paso del Cristo sufre una remodelación exhaustiva. Se le añaden unas metopas acopladas a los respiraderos realizados por Don Fernando Castro. Estas metopas, fueron obra del tallista algecireño Don David Venegas Cabeza. Se añadió además un cuerpo superior a la canastilla más pequeño y también con cuarterones tallados por el mismo artista. Encima una mesa con cuatro pies torneados, soporta el Cristo Yacente.
El Viernes Santo, 5 de abril de 1996 y debido a las inclemencias meteorológicas la Cofradía se vio obligada a posponer su salida procesional, realizándose esta el día siguiente sábado a las 15.00 h. Ese año estrenaba el paso de Cristo su nueva mesa.
En el siguiente año, 1997, vistos varios presupuestos se decide encargar al orfebre malagueño D. Cristóbal Martos, la elaboración de una peana para la Virgen, un tren de velas, un juego de ánforas laterales, otro de violeteros frontales, y para la parte posterior dos candelabros de cola. Asimismo para embellecer los varales de carga se adquirieron al mismo orfebre unos cabezales. Todos estos enseres fueron confeccionados en metal plateado acorde con los respiraderos del paso de la Soledad.
En 1998 el matador de toros Don Jesús Janeiro “Jesulín de Ubrique”, donó un traje de torear, para que con él se confeccionara una saya para la Virgen de la Soledad. Dicha saya fue bordada en La Línea de la Concepción por Don Rafael Cordón Ríos y Don Jorge Birkinshaw. Siendo bendecida el Domingo de Ramos en la Misa de 10,30 horas, para que pudiera lucirla Nuestra Madre de la Soledad en la salida procesional del Viernes Santo en la Semana Santa de 1999.